우리 회사 매출은 과세인가 면세인가
우리 회사 매출은 과세인가 면세인가 — 스타트업 업종별 판단 기준
이 글의 핵심 요약
- 부가가치세 면세는 법에 열거된 것만 해당합니다. 열거되지 않았다면 과세입니다. "우리는 교육이니까 면세"라는 식의 추론은 성립하지 않습니다.
- 판정을 가르는 것은 업종이 아니라 요건입니다. 교육은 주무관청 등록 여부, 의료는 의료인이 적법하게 제공했는지, 전자책은 출판업자 발행과 국제표준자료번호 부여 여부입니다.
- 면세가 유리한 것은 아닙니다. 면세사업자는 매입세액을 공제받지 못하므로, 매입이 매출보다 큰 초기 스타트업에게는 불리하게 작용합니다.
- 법인은 사업장현황신고 대상이 아니고, 개인 면세사업자의 의무입니다.
1. 열거된 것만 부가가치세 면세입니다
부가가치세법 제26조 제1항은 면세되는 재화와 용역을 각 호로 열거하고 있습니다. 여기에 없으면 과세입니다. 사업의 공익성이나 성격으로 면세 여부를 추론할 수는 없습니다.
스타트업과 관련이 있는 항목은 의료보건 용역, 교육 용역, 도서와 전자출판물, 금융·보험 용역, 주택임대, 인적 용역 정도입니다. SaaS·앱 구독·플랫폼 수수료는 열거되어 있지 않으므로 과세입니다. 해외 매출은 면세가 아니라 영세율 검토 대상입니다.
2. 업종별 판단기준
| 업종 | 판정 | 판단기준 |
|---|---|---|
| 학원·교습소 | 면세 | 주무관청 등록·신고를 마쳤는가 |
| 온라인 강의 플랫폼 | 원칙 과세 | 평생교육법상 원격평생교육시설로 신고하고 그 운영규칙에 따라 제공하는가 |
| 교육 콘텐츠 B2B 공급 | 과세 | 학습자가 아니라 다른 사업자에게 공급하면 교육용역이 아님 |
| 의료기관 진료 | 면세 | 의료인이 적법하게 개설된 기관에서 치료 목적으로 제공하는가 |
| 미용 목적 시술 | 과세 | 치료 목적인가 미용 목적인가 |
| 비의료인 건강관리 서비스 | 과세로 보는 것이 일반적 | 의료법상 의료행위에 해당하는지 |
| 전자책 | 면세 | 출판업자가 발행하고 국제표준자료번호가 부여되었는가 |
| 웹툰 | 다툼이 있음 | 전자출판물 요건을 갖추었는가, 저작권 사용허락으로 보는가 |
| 오디오북·동영상 강의 | 과세 가능성이 높음 | 음악·영화비디오물·게임 관련 법률 적용 대상은 전자출판물에서 제외 |
| 투자일임·자산운용 | 면세 | 시행령에 열거된 금융용역인가 (부동산·실물자산 운용은 제외) |
| 대출 중개·플랫폼 수수료 | 과세 | 열거된 금융용역이 아님 |
| SaaS·앱 구독 | 과세 | 해외 매출은 영세율 요건 검토 |
교육 분야는 오해가 가장 잦습니다. 면세되는 교육용역은 주무관청의 허가·인가를 받거나 등록·신고된 시설이 제공하는 것에 한합니다. 온라인 강의는 평생교육법상 원격평생교육시설로 신고하고 그 운영규칙에 따라 제공해야 하며, 신고 없이 운영하는 플랫폼의 강의료는 과세입니다. 신고 요건 자체를 충족하지 못하는 규모라면 신고할 수도 없고 면세도 받을 수 없습니다.
3. 과세 vs 면세 사례
웹툰. 웹툰 작가 법인이 플랫폼에 전자파일을 공급한 대가를, 국세청은 저작권 사용허락 용역으로 보아 과세 대상이라고 판단했습니다. 조세심판원은 출판업자가 발행하고 국제표준자료번호가 부여된 이상 면세 전자출판물에 해당한다고 보아 처분을 취소했습니다. 2025년 말에도 같은 취지의 결정이 나왔고 수억 원이 환급되었습니다.
결제대행 수수료. 국내사업장이 없는 해외 결제대행사에 정산·송금 서비스를 제공한 회사의 수수료를 두고, 국세청은 전자지급결제대행 용역으로, 법원은 외국환 업무용역으로 보았습니다. 다만 이 판단은 전문외국환업무취급업자로 등록한 회사에 관한 1심 판결입니다. 등록이 없는 일반 핀테크에 그대로 적용되지는 않습니다.
사무장병원. 비의료인이 실질적으로 개설·운영한 의료기관의 진료비는, 고용된 의사가 직접 진료했더라도 면세 의료보건용역이 아니라고 대법원이 판단했습니다. 면세의 전제가 "의료인이 적법하게 제공할 것"이라는 점이 확인되었습니다.
세 사건의 공통점은 판정이 사업의 실질이 아니라 형식 요건에서 갈렸다는 것입니다. 등록증이 있는가, 국제표준자료번호를 받았는가, 계약서에 무엇이라고 썼는가입니다.
4. 면세가 유리한 것은 아닙니다
면세를 혜택으로 받아들이는 경우가 많습니다. 스타트업에서는 반대로 작용하는 일이 흔합니다.
면세사업자는 매출에 부가가치세를 붙이지 않는 대신, 매입할 때 부담한 부가가치세를 공제받지 못합니다. 그 금액은 그대로 원가가 됩니다. 초기 스타트업은 서버비·외주개발비·마케팅비 같은 매입이 매출보다 큰 구간을 지납니다. 이 구간에서 과세사업자는 환급을 받고 면세사업자는 전액을 부담합니다.
5. 과세와 면세가 섞여 있다면
과세사업과 면세사업을 함께 하는 경우, 어느 쪽에 쓰였는지 구분되지 않는 매입세액은 안분하여 면세분을 불공제합니다.
면세사업 관련 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액 ÷ 총공급가액)
당장 신경 쓰지 않아도 되는 구간이 있습니다. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5% 미만이면 안분을 생략하고 전액 공제할 수 있습니다. 다만 공통매입세액이 500만원 이상이면 이 생략 규정을 적용하지 않습니다.
면세 매출이 5%를 넘어서는 시점이 안분을 시작해야 하는 시점입니다. 매출 구조가 바뀌는 분기에 한 번 확인하십시오.
6. 면세사업자의 의무 — 법인은 다릅니다
면세사업자는 부가가치세 신고·납부 의무가 없습니다. 세금계산서 대신 계산서를 발급합니다.
사업장현황신고는 다음 해 2월 10일까지 하는 것으로 알려져 있으나, 이 의무는 개인 면세사업자의 것입니다. 법인은 대상이 아닙니다. 법인은 법인세 신고로 갈음합니다.
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자주 묻는 질문
Q. 교육 콘텐츠를 만들어 파는 회사입니다. 면세인가요?
주무관청에 등록·신고된 시설이 학습자에게 직접 제공하는 교육용역만 면세입니다. 온라인이라면 평생교육법상 원격평생교육시설 신고가 전제이고, 다른 사업자에게 콘텐츠를 공급하는 구조라면 교육용역이 아니라 일반 용역으로 과세됩니다. 회사의 계약 상대방이 누구인지부터 확인하십시오.
Q. 면세사업자로 등록하면 세금이 줄어드나요?
매출에 부가가치세를 붙이지 않으므로 고객 입장의 가격은 내려갑니다. 그러나 회사는 매입세액을 공제받지 못하므로 그만큼 원가가 올라갑니다. 매입 비중이 큰 초기 구간에서는 면세가 불리한 경우가 많습니다. 어느 쪽이 유리한지는 매입·매출 구조로 계산해 보아야 합니다.
Q. 과세인지 면세인지 판단이 어렵다면 어떻게 하나요?
같은 사업이라도 계약 구조에 따라 결론이 달라집니다. 전문가의 도움을 받아 매출 구조가 확정되기 전에 검토하는 것이 사후에 수정하는 것보다 훨씬 저렴합니다.
결론
- 면세는 열거된 것만입니다. 사업의 성격으로 추론하지 마십시오.
- 판정은 실질이 아니라 형식 요건에서 갈립니다. 등록증, 국제표준자료번호, 계약서 문구를 확인하십시오.
- 면세는 혜택이 아닙니다. 매입이 큰 초기 구간에서는 매입세액을 전부 원가로 떠안게 됩니다.
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저자 소개
이범기 회계사 — 삼일회계법인(PwC) 감사본부, 하나증권 IPO팀을 거쳐 현재 선영회계법인에서 스타트업 전문 브랜드 Zero to One TAX를 이끌고 있습니다.
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