2026년 세제개편안, 2027년 스타트업 세금에 어떤 영향을 미칠까?
2026년 세제개편안, 2027년 스타트업 세금에 어떤 영향을 미칠까?
이 글의 핵심 요약
- 2026년 8월 3일 발표된 정부안입니다. 9월 정기국회에 제출되고 12월에 확정됩니다. 지금은 확정된 것이 아닙니다.
- 스타트업에 해당하는 항목은 열 몇 가지이고, 대부분 적용시기가 2027년 1월 1일 이후입니다.
- 방향은 두 가지입니다. 지방 우대와 중소·벤처 지원입니다.
- 프리랜서 원천징수세율이 3.3%에서 2.2%로 인하됩니다.
1. 이번 개편의 방향
하나, 지방 우대. 회사 소재지에 따라 창업감면, 연구개발비 세액공제, 설비투자 세액공제, 직원 소득세 감면이 갈립니다. 비수도권을 여러 단계로 세분하고 그에 따라 혜택을 차등합니다.
둘, 중소·벤처 지원. 중소·벤처기업 투자를 활성화하기 위해 세제혜택 대상 기업의 범위를 확대합니다. 그리고 회사 규모가 커져 중소기업 기준을 초과하더라도 혜택이 즉시 종료되지 않고 3년에 걸쳐 축소되는 완충 구간을 둡니다.
2. 스타트업에 해당하는 항목
지금 판단이 필요한 것
| 항목 | 내용 | 적용시기 |
|---|---|---|
| 창업중소기업 세액감면 재설계 | 창업 후 5년간 소득세·법인세를 감면하는 제도입니다. 비수도권을 3단계로 세분해 감면율을 상향하고, 점프업·청년 신산업 유형을 추가합니다 | 2027.1.1. 이후 창업·지정·확인·선정분 |
| 투자 대상 벤처기업의 업력요건 완화 | 투자받는 벤처기업의 설립 후 7년 이내 → 10년 이내 | 2027.1.1. 이후 출자·투자분 |
신설되는 청년 신산업 유형은 수도권에도 적용됩니다. 감면율이 수도권 과밀억제권역 60%, 그 밖의 수도권 85%로, 현행 청년창업(각 50%·75%)보다 높습니다. 세부 업종은 중소벤처기업부 신산업 27개 분야를 고려해 대통령령에서 정합니다.
업력요건 완화가 적용되는 제도는 두 가지입니다. 내국법인이 벤처기업에 출자·투자할 때의 세액공제, 그리고 벤처투자회사 등의 벤처기업 주식 양도차익 비과세입니다. 개인이 받는 소득공제(조세특례제한법 제16조)는 해당하지 않습니다.
창업 시점을 조정할 수 있는 단계라면 확인이 필요합니다. 2026년 창업은 현행 감면율이 5년간 적용되고, 2027년 창업부터 개정 감면율이 적용됩니다. 다만 이 제도의 적용기한은 2027년 12월 31일이며 이번 개편안에서 연장되지 않았습니다.
창업중소기업 세액감면, 2027년에 창업해야 달라집니다
내년부터 실무가 달라지는 것
| 항목 | 내용 | 적용시기 |
|---|---|---|
| 프리랜서 원천징수세율 인하 | 3.3% → 2.2%. 소득세가 3%에서 2%로 인하되고, 지방소득세는 소득세액의 10%이므로 0.3%에서 0.2%가 됩니다 | 2027.1.1. 이후 지급분 |
| 접대비 적격증빙 기준금액 상향 | 경조사비 20만원 → 30만원, 그 외 3만원 → 5만원. 기준금액을 초과하면 신용카드 매출전표·세금계산서 등 정규 증빙이 있어야 비용으로 인정됩니다 | 시행령 개정 |
| 1주일 내 기한후신고 시 가산세 감면 구간 신설 | 무신고 가산세는 납부할 세액의 20%입니다. 현행 감면율은 1개월 내 신고 시 50%인데, 1주일 이내 75% 구간이 신설됩니다 | 2027.1.1. 이후 기한후신고분 |
| 스톡옵션 양도소득세 특례의 사후관리 완화 | 3년간 행사가액 합계 5억원을 판정할 때 특례를 신청한 행사분만 합산합니다. 현행은 신청 여부와 무관하게 전부 합산합니다 | 2027.1.1. 이후 행사분 |
| 소득처분에 따른 세금의 부과제척기간 확대 | 법인세를 신고하지 않은 경우, 그 법인세와 관련된 소득처분에 따른 소득세·법인세도 7년이 됩니다. 현행은 5년입니다 | 2027.1.1. 이후 소득처분분 |
프리랜서 원천징수세율은 지급일을 기준으로 판단합니다. 계약일이나 용역 제공일이 아닙니다. 2026년 12월에 완료된 용역이라도 2027년 1월에 지급하면 2.2%입니다. 다만 보험설계사·방문판매원·음료품배달원 중 연말정산 대상자와 의료보건용역은 현행 3%가 유지됩니다.
접대비 기준금액은 시행령 사항이므로 국회 통과와 무관합니다. 다만 시행령이 개정되기 전까지는 현행 3만원 기준이 적용됩니다.
소득처분은 설명이 필요합니다. 세무조사에서 회사 자금이 외부로 유출된 사실이 확인되면 그 귀속자를 정해 과세하는데, 이를 소득처분이라고 합니다. 임직원에게 귀속되면 상여, 주주에게 귀속되면 배당, 그 밖의 개인에게 귀속되면 기타소득으로 처분되며, 귀속이 불분명하면 대표자 상여로 봅니다. 가지급금이 정리되지 않은 경우가 대표적입니다.
현행 규정에는 시차가 있습니다. 법인세를 신고하지 않은 경우 그 법인세의 부과제척기간은 7년인데, 소득처분에 따른 세금은 일반 규정에 따라 5년입니다. 법인세는 추징되지만 소득처분에 따른 세금은 부과제척기간이 지나는 경우가 생깁니다. 개정안은 이를 7년으로 일치시킵니다.
지방 이전·성장 단계에서 보는 것
| 항목 | 내용 |
|---|---|
| 연구개발비·설비투자 세액공제에 지역계수 도입 | 기존 공제율에 지역별 계수를 곱합니다. 수도권 1.0 / 비수도권 광역시 등 1.1 / 그 밖의 비수도권 1.3 / 비수도권 우대지역 1.5 |
| 지방 근무 청년 직원의 소득세 감면 확대 | 현행은 5년간 90% 감면입니다. 비수도권 우대지역은 10년으로 확대되고, 적용기한도 3년 연장됩니다 |
| 지방 이전·신증설 시 이주수당 비과세 신설 | 사업장을 비수도권으로 이전하거나 신·증설한 뒤 3년 이내에 수도권 근무자가 그 사업장으로 근무지를 변경하면, 월 20만원까지 비과세됩니다. 기타 비수도권 우대지역은 월 50만원입니다 |
| 지방 벤처기업 직접출자 세액공제율 인상 | 인구감소지역·인구감소관심지역 벤처기업 등에 법인이 출자할 때 5% → 7% |
| 자기주식 과세체계 정비 | 상법 개정을 반영해 자기주식 취득·처분의 과세 처리를 자본거래로 일원화합니다 |
| 중소기업 졸업 시 점감구조 도입 | 중소기업 기준을 초과하더라도 특별세액감면 등이 즉시 종료되지 않고 3년간 축소 적용 후 종료됩니다 |
지역계수는 계산 구조를 바꾸는 것이므로 금액 차이가 큽니다. 비수도권 우대지역이면 연구개발비 세액공제가 1.5배가 됩니다. 다만 어느 지역이 어느 등급인지는 2027년 2월 정기 시행령 개정에서 정해집니다. 행정안전부 지방우대지수를 고려한다고만 되어 있습니다.
자기주식 항목은 스타트업과도 관련이 있습니다. 자기주식 취득은 가지급금 정리 경로이자 스톡옵션 재원 확보 수단입니다.
3. 일정과 지금 할 일
| 시점 | 단계 |
|---|---|
| 2026.8.3. | 정부안 발표 |
| 8.4 ~ 8.20 | 입법예고 |
| 9.1 | 국무회의 |
| 9.3 이전 | 정기국회 제출 |
| 12월 | 국회 본회의에서 확정 |
| 2027.2. | 정기 시행령 개정 |
대부분 2027년 1월 1일 이후분이므로 올해 실무에 미치는 영향은 제한적입니다. 다만 창업 시점을 조정할 수 있는 단계라면 창업감면의 적용시기와 감면율을 확인하십시오. 2026년 창업과 2027년 창업의 감면율이 다릅니다.
2027년에 무엇이 달라지는지 확인이 필요하신가요
창업 시점, 사업장 소재지, 장부 상태에 따라 적용되는 항목이 갈립니다. 회사 상황을 기준으로 정리해 드립니다.
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자주 묻는 질문
Q. 확정된 것입니까?
아닙니다. 2026년 8월 3일 발표된 정부안이고, 12월 국회 본회의에서 확정됩니다. 국회 논의 과정에서 내용이 조정될 수 있습니다.
Q. 올해 실무에 영향이 있습니까?
대부분 없습니다. 스타트업에 해당하는 항목의 적용시기가 거의 2027년 1월 1일 이후입니다. 다만 창업을 앞두고 있다면 창업 시점을 언제로 잡을지가 달라질 수 있습니다.
Q. 접대비 5만원 기준은 언제부터입니까?
정부가 시행령을 개정한 뒤입니다. 국회 통과와는 무관합니다. 지금은 3만원 기준이 적용되므로, 3만원을 초과하는 접대는 신용카드 매출전표나 세금계산서 등 정규 증빙이 있어야 비용으로 인정됩니다.
Q. 프리랜서에게 원천징수하는 3.3%가 언제부터 2.2%가 됩니까?
2027년 1월 1일 이후 지급하는 대금부터입니다. 용역 제공일이 아니라 지급일을 기준으로 판단합니다. 국회를 통과해야 확정되고, 확정되면 그 시점에 지급 시스템의 세율을 변경해야 합니다.
보험설계사·방문판매원·음료품배달원 중 연말정산 대상자와, 병원이 의사·간호사에게 지급하는 의료보건용역은 현행 3%가 유지됩니다. 개발·디자인·마케팅 프리랜서는 2%로 인하됩니다.
Q. 스톡옵션 세제가 개선된 것입니까?
이번 개편안에 포함된 것은 양도소득세 특례의 사후관리 요건 완화 한 건입니다. 비과세 한도는 그대로입니다. 연 2억원, 벤처기업별 누적 5억원이 유지됩니다.
두 제도 모두 5억원이라는 숫자가 나오지만 의미가 다릅니다. 비과세 한도의 5억원은 회사별 누적 비과세 금액이고, 사후관리의 5억원은 3년간 행사가액 합계입니다.
결론
- 2026년 8월 3일 발표된 정부안입니다. 12월에 확정되고, 스타트업 해당 항목은 대부분 2027년 1월 1일 이후분입니다.
- 방향은 지방 우대와 중소·벤처 지원입니다. 다만 신설되는 청년 신산업 창업감면은 수도권에도 적용됩니다.
- 실무에 가장 직접적인 항목은 프리랜서 원천징수세율입니다. 2027년 1월 1일 이후 지급분부터 3.3%가 2.2%가 됩니다.
- 스톡옵션 비과세 한도, 법인세율, 이월결손금은 개정 대상이 아닙니다.
시리즈 안내
- 2026년 세제개편안, 2027년 스타트업 세금에 어떤 영향을 미칠까? ← 현재 글 (허브)
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- 프리랜서 원천징수 3.3%가 2.2%로 (예정)
저자 소개
이범기 회계사 — 삼일회계법인(PwC) 감사본부, 하나증권 IPO팀을 거쳐 현재 선영회계법인에서 스타트업 전문 브랜드 Zero to One TAX를 이끌고 있습니다.
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